بعد دراسته للعلوم السياسية والاقتصادية انخرط في السلك الدبلوماسي اليمني عام 1985م، وتضمنت مسيرته الوظيفية في السلك الدبلوماسي عدة محطات من بينها السعودية، مصر، ووزارة الخارجية اليمنية، تقلد خلالها مبكّراً عدة مناصب دبلوماسية إكتسب من خلالها سمعة كخبير اقتصادي.
تولّى الأستاذ المخلافي أوائل تسعينيات القرن الماضي رئاسة القسم الاقتصادي والقنصلي لسفارة الجمهورية اليمنية في ألمانيا. أنتُخب أميناً عاماً لـغرفة التجارة والصناعة العربية الألمانية في عام 2000، وحصل في عام 2004 على صفة سفير بوزارة الخارجية اليمنية، كما يتولّى وظيفة المنسّق العام للغرف التجارية والصناعية العربية الأجنبية المُشتركة منذ العام 2005م. عُيّن الأستاذ عبد العزيز المخلافي مُستشاراً لرئيس الجمهورية اليمنية للشؤون الإقتصادية في أغسطس 2016م، ومنحه الرئيس الألماني في يوليو 2016م وسام الإستحقاق الألماني.
درس الأستاذ عبد العزيز المخلافي الإقتصاد والعلوم السياسية في جامعة صنعاء (1981 – 1985) وتخرّج منها بإمتياز مع مرتبة الشرف الأولى، كما حصل على دبلوم الدراسات الدبلوماسية (1989 – 1990) من جمهورية مصر العربية والماجستير في العلوم السياسية من جامعة بون في المانيا (2001م).
يُعد الأستاذ عبد العزيز عثمان المخلافي من الخبراء الإقتصاديين في العلاقات العربية الأوروبية والعلاقات الألمانية العربية وله الكثير من المحاضرات والمداخلات في هذا المجال في المؤتمرات الإقليمية والدولية وفي دور ألمانيا في نشأة وتطوّر مؤسسات الإتحاد الأوروبي.
الأستاذ عبد العزيز عثمان المخلافي متزوّج وله بنت وأربعة أبناء.